考古研究和古旧手稿资料表明，布拉格城堡约落成于880年，并由普热米斯尔王朝的波希米亚公爵博里沃伊一世下令建造。

初期的中世纪城堡由护城河及粘土和石头组成的城墙保护。第一个带墙面的建筑是圣母玛利亚教堂。其他献给圣乔治和圣维特的教堂均建于十世纪上半叶。

自十世纪起，布拉格城堡不仅是国家元首、王子和后继国王的官邸，也是教会最高级别代表——布拉格大主教——的居住地。波希米亚第一个修道院也建于布拉格城堡内，修道院位于圣乔治教堂旁，专供本笃会修女使用。

圣维特大教堂以原址的圆形大厅为基础建造，自十一世纪起便是城堡主要教堂，本地主保圣人的圣物均存放于此：圣徒维特、瓦茨拉夫和阿达尔贝特。自十世纪起，布拉格修道院还成为了重要的教育和文化机构。

国王和后来的皇帝查理四世（十四世纪中叶）在位时，布拉格城堡呈现出一片欣欣向荣的景象，这里首次成为了王室官邸和罗马帝国皇帝的皇宫。皇宫经历了大规模重建，防御工事也得到加强。建筑师根据法式教堂风格对哥特式圣维特大教堂进行了翻修。

随后又在查理儿子瓦茨拉夫四世执政期间对城堡进行了重建。在胡斯战争期间和随后的几十年中，城堡一直处于无人居住的状态，造成了建筑和防御工事的损毁。

直到1483年，雅盖隆王朝将城堡作为王室官邸才使其重现昔日光彩。防御工事得到进一步增强，并在城堡北侧加设了防御塔（火药塔、新白塔和达利沃尔塔）。工事建筑家Benedikt Ried还对皇宫进行了重建和扩建：彼时，精致迷人的弗拉季斯拉夫大厅是全欧洲最大的非教会拱形大厅。其大型窗户设计也是波希米亚地区对文艺复兴风格的首次尝试。

后续王朝的国王，如哈布斯堡王朝也以此为基础将城堡重建为文艺复兴式风格。为与时代品味保持一致，城堡首次开辟了皇家花园，在十六世纪时花园中还陆续建设了各种娱乐场所：安妮女王夏宫、球室、狩猎场和狮园。后来，大教堂和皇宫被隔离。新建筑在旧皇宫西侧沿南部城墙拔地而起。

在十六世纪下半叶鲁道夫二世统治时期，城堡逐渐达到了目前的高度。皇帝将布拉格城堡选作永久皇宫并将其变成了整个帝国最恢弘壮丽的中心。鲁道夫二世还下令兴建了皇宫北翼，即今日西班牙厅所在位置，用于存放珍贵的艺术和科学收藏。

1618年爆发的布拉格市民暴动拉开了漫长战争的序幕，在此期间布拉格城堡饱受摧残并屡遭洗劫。国家元首仅在特殊时期暂时在此居住。

十八世纪下半叶，城堡最后一个主要建筑正式完工，使其成为了完整尊贵的城堡群式建筑。但那时帝国首都位于维也纳，布拉格仅是一个地方省城。城堡逐渐荒芜，其艺术藏品也随着鲁道夫国王藏品的不断出售而消耗殆尽。

皇帝斐迪南五世1848年退位后选择布拉格城堡作为自己的官邸。在此期间，他重新修建了第二庭院中的圣十字教堂。西班牙厅和鲁道夫画廊也重整一新，以迎接弗兰茨·约瑟夫一世的加冕，但不幸的是，这场仪式未能成功举办。

大教堂最终落成前经历了一次大规模修建，而这却并非国王提议而是来自一个名为“圣维特大教堂完工联盟”的爱国组织的倡议。最终教堂于1929年落成。

1918年捷克斯洛伐克共和国独立后，布拉格城堡便成为国家元首的官邸。斯洛文尼亚建筑师Josip Plecnik于1920年奉命对其进行必要修整。

直至今日，布拉格城堡庭院的重建和修整工程仍在继续，这不仅仅是简单的建筑维修问题。其基础目标是希望在未来可向所有公众开放城堡庭院。1989年来，许多先前封闭的城堡角落开始逐步向公众开放，如皇家花园和球室、南部花园、皇家马厩、旧皇宫特蕾莎翼等等。

今天的布拉格城堡，不仅是国家元首的官邸，更是捷克重要的文化和历史古迹。王室珠宝、波希米亚国王遗物、珍贵的耶稣圣物、艺术珍宝和历史文献均存放于此。这里也仍会举办举国瞩目的重要活动。因此可以说布拉格城堡是捷克历史传统的象征，它连接了这个国家的过去和未来。