Secondo le indagini archeologiche e le fonti scritte più antiche, il Castello di Praga fu fondato intorno all'880 dal principe Bořivoj della dinastia dei Přemyslidi.

All'insediamento fortificato dell’Alto Medioevo furono aggiunti un fossato e un terrapieno di argilla e pietre. Il primo edificio in mattoni era la chiesa della Vergine Maria. Le altre chiese consacrate a San Giorgio e a San Vito furono fondate nella prima metà del X secolo.

Dal X secolo, il Castello di Praga fu la sede non solo del capo dello Stato, dei principi e poi dei re, ma anche del rappresentante supremo della Chiesa: il vescovo di Praga. Inoltre, il primo monastero boemo venne fondato al Castello di Praga, presso la chiesa di San Giorgio, per l'ordine dei benedettini.

Nella chiesa principale del castello, che dall'XI secolo era la Basilica di San Vito, edificata al posto di una rotonda originaria, furono deposte le reliquie dei Santi Patroni cechi San Vito, San Venceslao e Sant'Adalberto. Dal X secolo, il monastero della chiesa praghese fu un'importante istituzione didattica e culturale.

Il periodo di maggior fioritura del Castello di Praga fu quello del regno del re e imperatore della dinastia dei Lussemburgo Carlo IV. (metà del XIV secolo). Il Castello di Praga divenne per la prima volta residenza imperiale e sede dell'imperatore del Sacro Romano Impero. Il Palazzo Reale fu ampiamente ristrutturato e le fortificazioni vennero rafforzate. Secondo il modello delle cattedrali francesi, cominciò a sorgere la cattedrale gotica di San Vito.

Il castello fu ulteriormente ampliato durante il regno del figlio di Carlo IV, Venceslao IV. Le guerre hussite e i decenni successivi, durante i quali il castello fu disabitato, causarono il decadimento degli edifici e delle fortificazioni.

Un altro periodo florido fu quello successivo al 1483, quando il re della nuova dinastia degli Jagelloni scelse il castello come propria sede. Insieme alle nuove fortificazioni furono erette torri difensive sul lato settentrionale (la Torre delle polveri, la Nuova torre bianca e Daliborka). L'autore delle fortificazioni, l’architetto Benedikt Ried, restaurò e ampliò il Palazzo Reale: la spettacolare Sala di Ladislao divenne la più grande sala secolare a volta dell'Europa di allora. Le grandi finestre sono considerate tra le prime manifestazioni dello stile rinascimentale in Boemia.

I sovrani della successiva dinastia regnante degli Asburgo iniziarono la trasformazione del castello in una residenza rinascimentale. Secondo i gusti dell'epoca, fu innanzitutto creato il Giardino reale, in cui furono costruiti, nel corso del XVI secolo, altri edifici destinati all'intrattenimento: la residenza estiva, la sala della pallacorda, il poligono di tiro, la corte dei leoni. Gradualmente furono modificati anche la cattedrale e il Palazzo Reale. Iniziarono i lavori di costruzione di nuovi edifici residenziali a ovest del Vecchio Palazzo Reale, lungo le mura del lato meridionale.

La ristrutturazione del castello raggiunse il culmine durante il regno di Rodolfo II. L'imperatore risiedeva stabilmente al Castello di Praga e cominciò a trasformarlo in un centro nobile e sfarzoso che attirasse diplomatici, artisti e intellettuali. Per le sue ricche collezioni artistiche e scientifiche, l'imperatore fondò l'ala settentrionale del palazzo, inclusa l'attuale Sala spagnola.

Con la defenestrazione di Praga del 1618, iniziò un lungo periodo di guerre durante il quale il castello fu danneggiato e saccheggiato. Come sede dei regnanti, veniva utilizzato solo sporadicamente e temporaneamente.

Nella seconda metà del XVIII secolo fu eseguita l'ultima grande ristrutturazione del castello, che lo trasformò in una vera e propria sede di rappresentanza. A quel tempo, tuttavia, la capitale dell'impero era Vienna, mentre Praga era una semplice "città di provincia". Il castello cadde gradualmente in rovina e i tesori artistici delle collezioni di Rodolfo II furono rubati e venduti.

L'imperatore Ferdinando V scelse il Castello di Praga come sua sede dopo la sua abdicazione nel 1848. Per questa occasione, fu restaurata la cappella della Santa Croce nel secondo cortile. Per l'incoronazione di Francesco Giuseppe, preparata ma mai realizzata, furono modificate la Sala spagnola e la Galleria di Rodolfo.

I grandi lavori edili per il completamento della cattedrale non furono commissionati da un monarca, ma dall'Unione patriottica per il completamento della Cattedrale di San Vito. La cattedrale fu completata nel 1929.

Dopo l'istituzione della Repubblica Cecoslovacca indipendente, avvenuta nel 1918, il Castello di Praga divenne nuovamente sede del capo dello Stato. Le modifiche necessarie furono affidate, nel 1920, all'architetto sloveno Jože Plečnik.

Anche oggi sono in corso ristrutturazioni e modifiche del complesso del Castello di Praga. Non si tratta tuttavia solo della necessaria manutenzione degli edifici. L'obiettivo principale è quello di aprire il complesso del Castello di Praga ai visitatori. Dopo il 1989 sono stati aperti al pubblico molti spazi fino ad allora chiusi, come il Giardino reale con la Sala della pallacorda, i Giardini meridionali, la Scuderia imperiale e l'Ala teresiana del Vecchio Palazzo Reale.

Il Castello di Praga è oggi sede del capo dello Stato e un importante monumento storico e culturale. Al Castello di Praga sono conservati i gioielli della corona, le spoglie dei re cechi, pregiate reliquie cristiane, tesori d'arte e documenti storici. Tra le sue mura si sono svolti eventi significativi per l'intero paese. Di conseguenza, il Castello di Praga incarna la tradizione storica dello Stato ceco e il legame tra presente e passato.