Dnešní románská podoba kostela s hlavní apsidou a dvěma věžemi pochází z přestavby po ničivém požáru v roce 1142. V první polovině 13. století přibyla kaple svaté Ludmily a vstupní portikus na západní straně. Období raného baroka připojilo dnešní výrazné průčelí, také celý klášter byl přestavěn. Začátkem 18. století připojil architekt F. M. Kaňka ke kostelu barokní kapli sv. Jana Nepomuckého. Po devastujícím pobytu vojska v klášteře na konci 18. století byl kostel v letech 1887 - 1908 obnoven podle návrhu F. Macha, který se pokusil vrátit mu románskou podobu. V letech 1969-75 byl pak rekonstruován i klášter.

Interiér baziliky je románský, strohý a monumentální. V hlavní lodi jsou umístěny náhrobky členů knížecího rodu Přemyslovců, mimo jiné otce svatého Václava, knížete Vratislava I.