Vedoucí Kanceláře prezidenta republiky je vedoucí organizační složky státu, který činí právní úkony ve věcech týkajících se Kanceláře navenek, řídí a kontroluje její činnost a odpovídá za ni. Z výkonu své funkce je odpovědný prezidentu republiky, který ho řídí a ukládá mu úkoly.

Sekretariát prezidenta republiky zajišťuje ve spolupráci s ostatními útvary Kanceláře prezidenta republiky denní výkon funkce prezidenta republiky a plní další úkoly podle jeho přímých pokynů.

Kabinet manželky prezidenta republiky zajišťuje administrativní a další služby manželce prezidenta republiky související s protokolárními povinnostmi a akcemi prezidenta republiky.

Kabinet vedoucího Kanceláře prezidenta republiky zajišťuje veškerý administrativní servis, kompletaci, popřípadě přípravu odborných podkladů, denní program a další úkony nezbytné pro výkon funkce vedoucího Kanceláře prezidenta republiky a na základě pokynů vedoucího Kanceláře prezidenta republiky svolává porady, vyhotovuje zápisy z těchto porad a kontroluje plnění uložených úkolů.

Oddělení interního auditu zabezpečuje interní audit Kanceláře prezidenta republiky a veřejnosprávní kontrolu v jí zřízených příspěvkových organizacích podle zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole), ve znění pozdějších předpisů.

Bezpečnostní ředitel zabezpečuje úkoly stanovené mu v souladu se zákonem č. 412/2005 Sb., o ochraně utajovaných informací a o bezpečnostní způsobilosti, ve znění pozdějších předpisů.

Kulturní a programový ředitel odpovídá za plánování akcí kulturních, vzdělávacích a dalších aktivit v areálu Pražského hradu. Vytváří koncepci dlouhodobého programu, která je konzultována se členy programové rady, jakožto poradním sborem složený z odborníků.

Odbor vnitřní politiky shromažďuje, zpracovává a analyzuje informace pro potřeby prezidenta republiky a Kanceláře prezidenta republiky týkající se činnosti Poslanecké sněmovny, Senátu, vlády, ministerstev a dalších ústředních orgánů státní správy majících zásadní politický nebo hospodářský dopad.

Odbor protokolu zajišťuje obstarávání protokolárních a organizačních věcí spojených s výkonem pravomocí prezidenta republiky stanovených Ústavou České republiky, ústavními zákony a zákony, s protokolárními povinnostmi a veřejnou činností prezidenta republiky.

Při plnění těchto úkolů Odbor spolupracuje se Senátem Parlamentu České republiky, Poslaneckou sněmovnou Parlamentu České republiky, Úřadem vlády České republiky, ministerstvy a ostatními správními úřady, orgány samosprávy a s příslušnými útvary Kanceláře.

Odbor komunikace zajišťuje veřejná vystoupení prezidenta republiky ve sdělovacích prostředcích, organizuje tiskové konference, operativní styk prezidenta republiky s novináři a komunikaci prostřednictvím oficiálních účtů prezidenta republiky na sociálních sítích.

Odbor zahraniční pokrývá dvoustranné vztahy mezi Českou republikou a třetími zeměmi, jakož i mnohostranné vztahy mezi Českou republikou a mezinárodními organizacemi.

Odbor legislativní připravuje návrhy pro rozhodnutí prezidenta republiky, která souvisí s výkonem jeho ústavních práv a povinností v legislativním procesu a při výkonu jeho exekutivních pravomocí. Odbor legislativní dále zajišťuje agendu milostí. 

Odbor právní poskytuje právní služby útvarům Kanceláře prezidenta republiky a jejím příspěvkovým organizacím.

Odbor informačních technologií zajišťuje zejména návrhy koncepce k zajištění plynulého provozu a rozvoje informačních systémů v Kanceláři prezidenta republiky a jí zřízených příspěvkových organizacích a dále pak správu HW/SW koncových uživatelů, provoz a odstraňování vad.

Odbor bezpečnostní řídí a koordinuje ochranu utajovaných informací v Kanceláři prezidenta republiky a ve státních příspěvkových organizacích, zřízených k plnění úkolů dle Zákona č. 114/1993 Sb., o Kanceláři prezidenta republiky, ve znění pozdějších předpisů.

Plní úkoly v oblasti bezpečnostní strategie KPR, krizového řízení, vyhodnocování bezpečnostních rizik, spolupráce s bezpečnostními složkami a zpracováním informací z oblasti vnitřní a mezinárodní bezpečnostní situace.

Ředitelka Odboru bezpečnostního z pověření odpovědné osoby vykonává funkci bezpečnostního ředitele a plní povinnosti v oblasti ochrany utajovaných informací a bezpečnostní způsobilosti.

Odbor památkové péče vykonává státní správu na úseku památkové péče v areálu národní kulturní památky Pražský hrad a pečuje o České korunovační klenoty.

Odbor spisové a archivní služby zajišťuje veškeré činnosti spisových a archivních služeb Kanceláře prezidenta republiky a Správy Pražského hradu. V oblasti archivních služeb zajišťuje příslušné činnosti i Lesní správy Lány.

Odbor finanční zajišťuje rozpočtové, plánovací, rozborové, účetní, daňové a další ekonomické a finanční činnosti Kanceláře prezidenta republiky a Správy Pražského hradu.

Odbor řízení lidských zdrojů vykonává komplexní personální činnosti Kanceláře prezidenta republiky a Správy Pražského hradu, zejména pak zajišťuje metodické, konzultační a administrativní činnosti spojené s náborem, výběrem, přijímáním, převáděním, uvolňováním a odměňováním zaměstnanců. Odbor řízení lidských zdrojů dále přijímá a vyřizuje ústní a písemná podání, jimiž se občané obracejí na prezidenta republiky nebo Kancelář, nejde-li o případy podle zákona č. 106/1999 Sb., o svobodném přístupu k informacím, ve znění pozdějších předpisů.